Cho dù kỹ thuật cắt amidan đã được cải tiến trong những năm qua, một số biến chứng vẫn có thể xảy ra. Ngoài biến chứng nguy hiểm là chảy máu, một số biến chứng khác như đau, nuốt vướng và rối loạn vị giác có thể xảy ra sau cắt amidan. Rối loạn vị giác có thể thoáng qua từ 4 ngày đến 2 tuần sau mổ hoặc có thể kéo dài đến 2 năm hoặc lâu hơn và sau đó sẽ khỏi tự nhiên. Nguyên nhân thường gặp là do tổn thương trực tiếp hoặc gián tiếp nhánh lưỡi hoặc nhánh amidan của thần kinh lưỡi họng trong lúc phẫu thuật. Việc sử dụng đè lưỡi trong lúc phẫu thuật có thể chèn ép lên thần kinh lưỡi dẫn đến rối loạn vị giác. Vị trí giải phẫu của amidan rất gần với các nhánh thần kinh này, vì vậy trong lúc phẫu thuật, kẹp, cầm máu hay đốt điện có thể gây tổn thương dây thần kinh.
Tuy nhiên rối loạn vị giác cũng có thể gây ra do nhiều nguyên nhân khác nhau như sau:
- Nhiễm trùng đường hô hấp trên hoặc viêm tai giữa
- Xạ trị ung thư vùng đầu mặt cổ.
- Tiếp xúc với 1 số hóa chất như thuốc diệt côn trùng hoặc tác dụng phụ của 1 số thuốc như thuốc kháng histamine
- Chấn thương đầu.
- Sau 1 số phẫu thuật vùng tai mũi họng hoặc vùng răng miệng
- Vệ sinh vùng răng miệng kém hoặc các bệnh lý vùng răng miệng.
- Thiếu các yếu tố vi lượng (kẽm, đồng)…
- Các bệnh hệ thống (tiểu đường, suy thận, xơ gan).